Śledztwo w sprawie zabójstwa Toma Hamiltona naprowadza ekipę na trop dwóch mężczyzn posiadających broń chemiczną. Podczas próby ujęcia jednego z nich agentka Bell odnosi poważne obrażenia.
Członkowie ekipy prowadzą dochodzenie w sprawie wypadku, w którym zginął fotograf. Gdy odkrywają okoliczności tragedii, okazuje się, że pozornie prosta sprawa jest o wiele bardziej skomplikowana.
Dochodzi do kłótni nauczyciela, Patricka Millera, z jego uczniem. Po awanturze mężczyzna znika. Członkowie zespołu sprawdzają każdą osobę, która mogła być z nim skonfliktowana.
Wychodzi na jaw, że dawna ofiara porwania jest związana z serią morderstw. Jedną z poszkodowanych jest córka detektywa z Nowego Jorku. Kristen zaczyna wątpić, czy nadaje się na agentkę.
Dochodzi do zabójstwa biznesmena oskarżanego o molestowanie. Członkowie ekipy podejrzewają, że sprawcą morderstwa może być jedna z osób, które zarzucały mu napastowanie.
Podczas dochodzenia związanego ze sprawą napadu na bank ekipa odkrywa skrytkę, której zawartość może stanowić zagrożenie dla bezpieczeństwa narodowego. Kristen chce powrócić do pracy w terenie.
Dochodzi do porwania syna emerytowanego agenta. Członkowie zespołu rozpoczynają dochodzenie. Muszą ustalić, czy nie jest to akt zemsty. Na jaw wychodzą informacje dotyczące przeszłości Isobel. W związku z tym kobieta podejmuje trudną decyzję.
Odnaleziono zwłoki prokuratora i prostytutki. Członkowie ekipy próbują ustalić, co łączy zamordowanych. Okazuje się, że Jubal miał powiązania z jedną z ofiar. Śledztwo staje się jego sprawą osobistą.
Dochodzi do uprowadzenia ciężarówki wypełnionej bronią. Ekipa rozpoczyna poszukiwania porywacza. Członkowie zespołu muszą odkryć tożsamość kidnapera oraz ustalić jego plany dotyczące ładunku.
Zrozpaczony ojciec dokonuje uprowadzenia córki miliardera. Mężczyzna przetrzymuje swoją ofiarę w schronie. Uwolni ją dopiero wtedy, gdy wróci jego zaginione dziecko. Agenci wkraczają do akcji.
Ekipa udaje się na miejsce zabójstwa. Członkowie zespołu początkowo podejrzewają motyw polityczny. Wkrótce dochodzi do kolejnego morderstwa. Agenci muszą ustalić, co łączy zbrodnie.
Jess LaCroix prowadzi dochodzenie w sprawie porwania autobusu z dziećmi. Podejrzanym o dokonanie uprowadzenia jest biały suprematysta, którego agent schwytał wiele lat wcześniej.
Zespół bada sprawę transakcji narkotykowej, która zakończyła się śmiercią studenta. Członkiem ekipy zostaje Hailey Upton. Stosowane przez nią metody kolidują z zasadami obowiązującymi w biurze.
Serial FBI opowiada historię agentów pracujących w nowojorskim oddziale amerykańskiego Federalnego Biura Śledczego. Elitarna jednostka, złożona z najlepszych specjalistów, wykorzystuje wszystkie swoje umiejętności, intelekt i najnowsze technologie w najważniejszych sprawach kryminalnych. Wszystko po to, żeby chronić kraj i mieszkańców jednego z największych miast świata. Agentka Specjalna, Maggie Bell, pochodzi z rodziny, która od pokoleń związana jest ze służbą w policji i za wszelką cenę chce bronić ofiar przestępstw, które prowadzi. Jej partner, Agent Specjalny Omar Adom "OA" Zidan, ukończył West Point i pracował wcześniej jako agent DEA. Ich szefową jest Isobel Castille, agentka z wieloletnim doświadczeniem. Zespołowi pomagają również Jubal Valentine, która świetnie motywuje kolegów, była policjantka, Tiffany Wallace, oraz jej partner Stuart Scola, były finansista z Wall Street. Cały zespół pracuje nad sprawami z zakresu terroryzmu, przestępczości zorganizowanej oraz szpiegostwa.