Członkowie zespołu rozpoczynają dochodzenie w sprawie morderstwa żołnierza piechoty morskiej. Podczas śledztwa detektywi odkrywają w motelu w stanie Virginia system kamer szpiegowskich zamontowanych w celu prowadzenia transmisji na żywo.
Agentka Lee, która okazała się szpiegiem w NCIS, ma teraz pomóc w schwytaniu przestępców odpowiedzialnych za ujawnianie tajnych akt rządowych. Dzięki niej agenci mają dotrzeć do zamieszanego w sprawę Teda Bankstona.
Zespół bada okoliczności śmierci oficera, który zginął w wypadku samochodowym. Trop prowadzi Gibbsa i ekipę NCIS w podziemny świat brutalnych walk. Śledczy muszą ustalić, czy potajemne zajęcie ofiary w jakiś sposób przyczyniło się do jego śmierci.
Gibbs zostaje zmuszony do zmierzenia się z konsekwencjami swojej decyzji. Agent udziela Zivie pomocy w realizacji ostatniego zadania, które musi ona wykonać, by wrócić do drużyny.
Zbliżają się święta Bożego Narodzenia. Agent Gibbs i zespół NCIS zmuszeni są do wytężonej pracy. Ich śledztwo komplikuje się, gdy wychodzi na jaw, że główny podejrzany nie żyje.
Ekipa prowadzi śledztwo w sprawie katastrofy F-18 i późniejszego zaginięcia pilota. McGee rozmawia ze współpracownikami na temat bardzo osobistej decyzji. Robi to niechętnie.
W więzieniu dla kobiet w Maryland wybuchają zamieszki spowodowane zamordowaniem strażnika. Agent Timothy McGee jest przetrzymywany w zakładzie karnym jako zakładnik. Zespół NCIS musi wyjaśnić okoliczności zbrodni.
W miejscu testowania bezzałogowych statków powietrznych odnaleziono zwłoki. Członkowie ekipy muszą wyjaśnić, czy śmierć jest skutkiem nieszczęśliwego wypadku, czy nastąpiła w wyniku morderstwa.
Zespół prowadzi śledztwo w sprawie morderstwa oficera marynarki. Tymczasem pochodząca z Afganistanu kobieta rani nożem Ducky'ego. Podczas śledztwa wychodzą na jaw tajemnice z przeszłości mężczyzny.
Niespodziewanie Torres i Bishop ulegają wypadkowi. Zostają potrąceni przez samochód. Po incydencie Torres znajduje się na oddziale intensywnej terapii, gdzie walczy o życie.
Zespół usiłuje rozwiązać zagadkę morderstwa pewnego sierżanta. Sprawca dokonał mordu w bardzo nietypowy sposób. Agenci analizują życie osobiste zamordowanego. Podejrzewają, że tam tkwi klucz do zagadki.
Phillip Brooks, przyjaciel Gibbsa, poznaje kobietę na portalu randkowym. Nieoczekiwanie okazuje się, ona główną podejrzaną w sprawie morderstwa. W walentynki wychodzi na jaw, że Sloane ma tajemniczego adoratora.
Gibbs musi zmierzyć się z traumatycznymi wspomnieniami z przeszłości podczas prowadzenia śledztwa w sprawie bestialskiego zabójstwa żołnierza z piechoty morskiej.
Ekipa bada okoliczności samobójstwa emerytowanego oficera marynarki. Zmarły zostawił Narodowemu Muzeum Marynarki Wojennej cenną monetę. Istnieją obawy, że pochodzi ona z kradzieży.
Zamordowano świadka, którego zeznania doprowadziły przed laty do skazania przestępcy. Gibbs i DiNozzo zamieniają się rolami podczas śledztwa w tej sprawie, gdyż trop prowadzi do jednego z dochodzeń Tony'ego sprzed trzech lat.
Członkowie zespołu badają sprawę zabójstwa podoficera marynarki, który został pozbawiony życia w identyczny sposób jak jego rodzice przed dziesięcioma laty. Natrafiają na szokujące znalezisko.
Umiera jeden z agentów NCIS. Śledztwo doprowadza Gibbsa i DiNozzo na pustynię, gdzie próbują oni wytropić kobietę, która może pomóc w rozwiązaniu kryminalnej zagadki.
Ekipa prowadzi dochodzenie w sprawie śmierci technika marynarki wojennej. Jego ciało zostało znalezione dryfujące w jeziorze w pobliżu miejsca, gdzie ma miejsce popularna impreza plenerowa. Córka Sloane, Faith, zaskakuje matkę niespodziewaną prośbą.
Dochodzi do napadu. Po jego nieudanym zakończeniu trzech uzbrojonych bandytów ucieka. Napastnicy postanawiają ukryć się w barze, w którym w tym samym czasie Palmer i Kasie spożywają posiłek. Zdesperowani przestępcy biorą zakładników.
Zespół wyjaśnia okoliczności włamania do siedziby admirała. Pewien senior twierdzi, że jest weteranem bitwy o Pearl Harbor. Pragnie, by po śmierci jego szczątki złożono na okręcie USS Arizona.