Zespół wyjaśnia okoliczności włamania do siedziby admirała. Pewien senior twierdzi, że jest weteranem bitwy o Pearl Harbor. Pragnie, by po śmierci jego szczątki złożono na okręcie USS Arizona.
Zbliża się Halloween. Detektywi wpadają na trop seryjnego mordercy. Psychopata zamieszcza na stronach internetowych wskazówki dotyczące następnej ofiary. Dla agentów rozpoczyna się wyścig z czasem.
Podczas napadu na bank w Quantico zostaje zamordowany jeden z ochroniarzy. Agenci, kierując się wskazówkami, których dostarczyła podobna sprawa sprzed pół roku, dochodzą do wniosku, że w napad zamieszany jest syn ofiary.
Gibbs zleca agentowi DiNozzo i Zivie włamanie się do wojskowego systemu zabezpieczeń. Okazuje się, że zadanie jest prowokacją, która ma wskazać szpiega w NCIS. Nie ma wątpliwości, że jeden z agentów jest zdrajcą.
Agentka Lee, która okazała się szpiegiem w NCIS, ma teraz pomóc w schwytaniu przestępców odpowiedzialnych za ujawnianie tajnych akt rządowych. Dzięki niej agenci mają dotrzeć do zamieszanego w sprawę Teda Bankstona.
Zespół bada okoliczności śmierci oficera, który zginął w wypadku samochodowym. Trop prowadzi Gibbsa i ekipę NCIS w podziemny świat brutalnych walk. Śledczy muszą ustalić, czy potajemne zajęcie ofiary w jakiś sposób przyczyniło się do jego śmierci.
Zbliżają się święta Bożego Narodzenia. Agent Gibbs i zespół NCIS zmuszeni są do wytężonej pracy. Ich śledztwo komplikuje się, gdy wychodzi na jaw, że główny podejrzany nie żyje.
W więzieniu dla kobiet w Maryland wybuchają zamieszki spowodowane zamordowaniem strażnika. Agent Timothy McGee jest przetrzymywany w zakładzie karnym jako zakładnik. Zespół NCIS musi wyjaśnić okoliczności zbrodni.
Zespół prowadzi śledztwo w sprawie morderstwa oficera marynarki. Tymczasem pochodząca z Afganistanu kobieta rani nożem Ducky'ego. Podczas śledztwa wychodzą na jaw tajemnice z przeszłości mężczyzny.
Zespół usiłuje rozwiązać zagadkę morderstwa pewnego sierżanta. Sprawca dokonał mordu w bardzo nietypowy sposób. Agenci analizują życie osobiste zamordowanego. Podejrzewają, że tam tkwi klucz do zagadki.
Gibbs musi zmierzyć się z traumatycznymi wspomnieniami z przeszłości podczas prowadzenia śledztwa w sprawie bestialskiego zabójstwa żołnierza z piechoty morskiej.