Porucznik marynarki zostaje napromieniowany radioaktywnie. Gibbs dochodzi do wniosku, że ktoś tu dokonał zamachu, żeby sabotować jego działania. Aby rozwiązać tę sprawę, agenci muszą zaprosić do współpracy ekspertów.
Agentka Lee, która okazała się szpiegiem w NCIS, ma teraz pomóc w schwytaniu przestępców odpowiedzialnych za ujawnianie tajnych akt rządowych. Dzięki niej agenci mają dotrzeć do zamieszanego w sprawę Teda Bankstona.
Zespół bada okoliczności śmierci oficera, który zginął w wypadku samochodowym. Trop prowadzi Gibbsa i ekipę NCIS w podziemny świat brutalnych walk. Śledczy muszą ustalić, czy potajemne zajęcie ofiary w jakiś sposób przyczyniło się do jego śmierci.
Zbliżają się święta Bożego Narodzenia. Agent Gibbs i zespół NCIS zmuszeni są do wytężonej pracy. Ich śledztwo komplikuje się, gdy wychodzi na jaw, że główny podejrzany nie żyje.
W więzieniu dla kobiet w Maryland wybuchają zamieszki spowodowane zamordowaniem strażnika. Agent Timothy McGee jest przetrzymywany w zakładzie karnym jako zakładnik. Zespół NCIS musi wyjaśnić okoliczności zbrodni.
Zespół prowadzi śledztwo w sprawie morderstwa oficera marynarki. Tymczasem pochodząca z Afganistanu kobieta rani nożem Ducky'ego. Podczas śledztwa wychodzą na jaw tajemnice z przeszłości mężczyzny.
Zespół usiłuje rozwiązać zagadkę morderstwa pewnego sierżanta. Sprawca dokonał mordu w bardzo nietypowy sposób. Agenci analizują życie osobiste zamordowanego. Podejrzewają, że tam tkwi klucz do zagadki.
Gibbs musi zmierzyć się z traumatycznymi wspomnieniami z przeszłości podczas prowadzenia śledztwa w sprawie bestialskiego zabójstwa żołnierza z piechoty morskiej.
Zamordowano świadka, którego zeznania doprowadziły przed laty do skazania przestępcy. Gibbs i DiNozzo zamieniają się rolami podczas śledztwa w tej sprawie, gdyż trop prowadzi do jednego z dochodzeń Tony'ego sprzed trzech lat.
Umiera jeden z agentów NCIS. Śledztwo doprowadza Gibbsa i DiNozzo na pustynię, gdzie próbują oni wytropić kobietę, która może pomóc w rozwiązaniu kryminalnej zagadki.