Na morzu ulega wypadkowi statek badawczy. Agenci NCIS badają okoliczności tragedii. Okazuje się, że komandor Satoshi Takada nie żyje, a reszta załogi uciekła z okrętu w popłochu. Ducky robi sekcję zwłok zmarłego komandora.
Detektywi z agencji NCIS otrzymują wyjątkowo delikatne zadanie. Jeden z oficerów grozi popełnieniem samobójstwa, a oni mają powstrzymać desperata. Podczas akcji okazuje się, że zespół musi rozpocząć inne dochodzenie.
Agenci prowadzą dochodzenie w sprawie zastrzelonego w parku admirała Kennetha Kirklanda i jego kierowcy. Wygląda na to, że to nie admirał był celem morderców...
Pod opiekę agentów NCIS trafia dziewięciolatek. Ojciec chłopca jest poszukiwany listem gończym w związku z morderstwem. Agenci poznają jego mroczną przeszłość.
Zespół Gibbsa zatrzymuje oficera piechoty. Agenci mają z nim problem, ponieważ mężczyzna jest weteranem wojny w Iraku, ale myśli, że nadal znajduje się na froncie. Okazuje się, że padł ofiarą medycznych doświadczeń.
Zostaje zamordowany oficer piechoty, który był wyznawcą islamu. Jego ciało znaleziono niedaleko meczetu. Agenci FBI podejrzewają, że w tej okolicy terroryści werbują nowych członków. Ducky celowo wstrzymuje śledztwo.
Ekipa DiNozzo z pomocą Gibbsa ściga złodzieja nowoczesnego radaru. Na ich oczach dochodzi do morderstwa. Detektywi są przesłuchiwani w tej sprawie w charakterze świadków. Ducky zaczyna się dziwnie zachowywać.
Pies, który zaatakował swego właściciela ma być uśpiony. Abby postanawia udowodnić, że zwierzę było niewinne. Wie, że ryzykuje swoją karierę, ale nikt nie potrafi jej powstrzymać.
Zostaje zamordowany René 'La Grenouille' Benoit poszukiwany przez agentów handlarz bronią. Główną podejrzaną o dokonanie zabójstwa staje się Jenny Shepard. Dyrektorka NCIS zostaje zawieszona w obowiązkach służbowych.
Nikki Jardine i Tony DiNozzo jadą do Iraku. Upozorowano tam zamach terrorystyczny mający ukryć starannie zaplanowane morderstwo. Wdowa po ofierze ujawnia, że miał tam przeprowadzić jakąś handlową transakcję.