Mallard ma dokonać sekcji zwłok zamarzniętego funkcjonariusza marines, Liama O'Neilla. Tuż przed autopsją odkrywa, że mężczyzna żyje. Detektywi muszą ustalić, jak doszło do tego, że został uznany za zmarłego.
Leon Vance po zabójstwie dyrektor Jenny Shepard podejmuje decyzję rozwiązania zespołu Gibbsa. Ziva zostaje wysłana jako tajna agentka do Izraela. Jethro dostaje zadanie wytropienia szpiega w formującej się jednostce.
Agent DiNozzo prowadzi śledztwo w sprawie samobójstwa oficera na lotniskowcu USS i dowiaduje się, że nieco wcześniej została zamordowana jego żona. Wykrywa, że w chwili rzekomego samobójstwa oficer już nie żył...
Senator Patrick Kiley prosi agenta Gibbsa o pomoc w rozwiązaniu zagadki śmierci młodej oficer marynarki. Vance dostaje anonimową informację o dawnym romansie polityka z zamordowaną...
Oficer marynarki Kelvin Taylor ginie w wyniku eksplozji w pobliżu baru. Towarzyszący mu kapral Ethan LaCombe trafia do szpitala z obrażeniami. Jethro, Ziva i McGee ustalają, że to właśnie LaCombe był celem zamachowca.
Zostaje odnaleziony żołnierz służący w piechocie morskiej. Mężczyzna był poddawany torturom. Dochodzenie w tej sprawie prowadzi agentów do świadka, który ma w sądzie składać zeznania obciążające niebezpiecznego przestępcę.
Zbliża się Halloween. Detektywi wpadają na trop seryjnego mordercy. Psychopata zamieszcza na stronach internetowych wskazówki dotyczące następnej ofiary. Dla agentów rozpoczyna się wyścig z czasem.
Podczas napadu na bank w Quantico zostaje zamordowany jeden z ochroniarzy. Agenci, kierując się wskazówkami, których dostarczyła podobna sprawa sprzed pół roku, dochodzą do wniosku, że w napad zamieszany jest syn ofiary.
Gibbs zleca agentowi DiNozzo i Zivie włamanie się do wojskowego systemu zabezpieczeń. Okazuje się, że zadanie jest prowokacją, która ma wskazać szpiega w NCIS. Nie ma wątpliwości, że jeden z agentów jest zdrajcą.