Jenny jedzie do Los Angeles na pogrzeb emerytowanego agenta specjalnego NCIS, Williama Deckera. Tony i Ziva mają ją chronić. Według wyników sekcji zwłok Decker popełnił samobójstwo. Jenny uważa, że został zamordowany.
Ziva udziela Gibbsowi tajemniczego ostrzeżenia. Agent zaczyna rozważać, dlaczego spędziła ona tyle lat w ukryciu, po tym jak upozorowała swoją śmierć. Zastanawia się również nad tym, co sprawiło, że postanowiła wrócić.
Leon Vance po zabójstwie dyrektor Jenny Shepard podejmuje decyzję rozwiązania zespołu Gibbsa. Ziva zostaje wysłana jako tajna agentka do Izraela. Jethro dostaje zadanie wytropienia szpiega w formującej się jednostce.
Znaleziono zwłoki. Ciało przymocowano do podwozia ciężarówki, która jechała do bazy marynarki wojennej. Ekipa pracuje nad odnalezieniem podejrzanego. Przemierzają trasę pokonaną przez auto.
Zespół detektywów wiążę tajemniczą zbrodnię na Cmentarzu Narodowym w Arlington z atakami na bezdomnych weteranów. Vance domaga się, aby McGee, Bishop i Torres posprzątali pokój z dowodami. To zadanie ma stanowić dla nich karę za ukrywanie informacji.
Ekipa prowadzi dochodzenie w sprawie kapral piechoty morskiej. W domu żołnierki została znaleziona broń palna, która stanowi dowód w jednej ze spraw. Kobieta nie jest jednak w żaden sposób związana z ofiarą, a w czasie gdy dokonano zabójstwa spała.
Detektywi z agencji NCIS otrzymują wyjątkowo delikatne zadanie. Jeden z oficerów grozi popełnieniem samobójstwa, a oni mają powstrzymać desperata. Podczas akcji okazuje się, że zespół musi rozpocząć inne dochodzenie.
Po powrocie z więzienia syn podoficera zostaje znaleziony martwy na własnej imprezie powitalnej. Wszystkie zebrane w toku śledztwa dowody wskazują na winę wieloletniego przyjaciela Kassie, Dantego.
Członkowie zespołu rozpoczynają dochodzenie w sprawie morderstwa żołnierza piechoty morskiej. Podczas śledztwa detektywi odkrywają w motelu w stanie Virginia system kamer szpiegowskich zamontowanych w celu prowadzenia transmisji na żywo.
Członkowie zespołu prowadzą śledztwo dotyczące morderstwa muzyka z elitarnej orkiestry marynarki wojennej. Gibbs niespodziewanie musi wziąć wolne w pracy. Przekazuje dowodzenie McGee.
Zespół prowadzi dochodzenie w sprawie zabójstwa podoficera. Przebieg całego zdarzenia był transmitowany na żywo na modnej aplikacji dla graczy. Sąsiadka Gibbsa prosi go, by zajął się jej 9-letnim synem. Kobieta musi nagle wyjechać z miasta.
Gibbs zostaje zmuszony do zmierzenia się z konsekwencjami swojej decyzji. Agent udziela Zivie pomocy w realizacji ostatniego zadania, które musi ona wykonać, by wrócić do drużyny.
Ekipa prowadzi śledztwo w sprawie katastrofy F-18 i późniejszego zaginięcia pilota. McGee rozmawia ze współpracownikami na temat bardzo osobistej decyzji. Robi to niechętnie.
W miejscu testowania bezzałogowych statków powietrznych odnaleziono zwłoki. Członkowie ekipy muszą wyjaśnić, czy śmierć jest skutkiem nieszczęśliwego wypadku, czy nastąpiła w wyniku morderstwa.
Pies, który zaatakował swego właściciela ma być uśpiony. Abby postanawia udowodnić, że zwierzę było niewinne. Wie, że ryzykuje swoją karierę, ale nikt nie potrafi jej powstrzymać.
Niespodziewanie Torres i Bishop ulegają wypadkowi. Zostają potrąceni przez samochód. Po incydencie Torres znajduje się na oddziale intensywnej terapii, gdzie walczy o życie.
Zostaje zamordowany René 'La Grenouille' Benoit poszukiwany przez agentów handlarz bronią. Główną podejrzaną o dokonanie zabójstwa staje się Jenny Shepard. Dyrektorka NCIS zostaje zawieszona w obowiązkach służbowych.
Phillip Brooks, przyjaciel Gibbsa, poznaje kobietę na portalu randkowym. Nieoczekiwanie okazuje się, ona główną podejrzaną w sprawie morderstwa. W walentynki wychodzi na jaw, że Sloane ma tajemniczego adoratora.
Nikki Jardine i Tony DiNozzo jadą do Iraku. Upozorowano tam zamach terrorystyczny mający ukryć starannie zaplanowane morderstwo. Wdowa po ofierze ujawnia, że miał tam przeprowadzić jakąś handlową transakcję.
Ekipa bada okoliczności samobójstwa emerytowanego oficera marynarki. Zmarły zostawił Narodowemu Muzeum Marynarki Wojennej cenną monetę. Istnieją obawy, że pochodzi ona z kradzieży.
Jimmy Palmer, asystent Ducky'ego, zapobiega kradzieży paszportu z prosektorium. Niedoszły złodziej strzela w jego kierunku. Odtąd poluje na Jimmy'ego, który zabrał ze sobą cenny dokument. Próbuje zatrzeć ślady po zbrodni.
Mallard ma dokonać sekcji zwłok zamarzniętego funkcjonariusza marines, Liama O'Neilla. Tuż przed autopsją odkrywa, że mężczyzna żyje. Detektywi muszą ustalić, jak doszło do tego, że został uznany za zmarłego.
Jenny jedzie do Los Angeles na pogrzeb emerytowanego agenta specjalnego NCIS, Williama Deckera. Tony i Ziva mają ją chronić. Według wyników sekcji zwłok Decker popełnił samobójstwo. Jenny uważa, że został zamordowany.
Gibbs przyjeżdża do restauracji Williama Deckera, gdzie Tony i Ziva zabezpieczają dowody zbrodni. Leon Vance przejmuje dowodzenie w śledztwie w sprawie śmierci Jenny Shepard. Gibbs rozpoczyna prywatne dochodzenie.