Jenny jedzie do Los Angeles na pogrzeb emerytowanego agenta specjalnego NCIS, Williama Deckera. Tony i Ziva mają ją chronić. Według wyników sekcji zwłok Decker popełnił samobójstwo. Jenny uważa, że został zamordowany.
Ziva udziela Gibbsowi tajemniczego ostrzeżenia. Agent zaczyna rozważać, dlaczego spędziła ona tyle lat w ukryciu, po tym jak upozorowała swoją śmierć. Zastanawia się również nad tym, co sprawiło, że postanowiła wrócić.
Leon Vance po zabójstwie dyrektor Jenny Shepard podejmuje decyzję rozwiązania zespołu Gibbsa. Ziva zostaje wysłana jako tajna agentka do Izraela. Jethro dostaje zadanie wytropienia szpiega w formującej się jednostce.
Agent DiNozzo prowadzi śledztwo w sprawie samobójstwa oficera na lotniskowcu USS i dowiaduje się, że nieco wcześniej została zamordowana jego żona. Wykrywa, że w chwili rzekomego samobójstwa oficer już nie żył...
Znaleziono zwłoki. Ciało przymocowano do podwozia ciężarówki, która jechała do bazy marynarki wojennej. Ekipa pracuje nad odnalezieniem podejrzanego. Przemierzają trasę pokonaną przez auto.
Senator Patrick Kiley prosi agenta Gibbsa o pomoc w rozwiązaniu zagadki śmierci młodej oficer marynarki. Vance dostaje anonimową informację o dawnym romansie polityka z zamordowaną...
Zespół detektywów wiążę tajemniczą zbrodnię na Cmentarzu Narodowym w Arlington z atakami na bezdomnych weteranów. Vance domaga się, aby McGee, Bishop i Torres posprzątali pokój z dowodami. To zadanie ma stanowić dla nich karę za ukrywanie informacji.
Oficer marynarki Kelvin Taylor ginie w wyniku eksplozji w pobliżu baru. Towarzyszący mu kapral Ethan LaCombe trafia do szpitala z obrażeniami. Jethro, Ziva i McGee ustalają, że to właśnie LaCombe był celem zamachowca.
Ekipa prowadzi dochodzenie w sprawie kapral piechoty morskiej. W domu żołnierki została znaleziona broń palna, która stanowi dowód w jednej ze spraw. Kobieta nie jest jednak w żaden sposób związana z ofiarą, a w czasie gdy dokonano zabójstwa spała.
Zostaje odnaleziony żołnierz służący w piechocie morskiej. Mężczyzna był poddawany torturom. Dochodzenie w tej sprawie prowadzi agentów do świadka, który ma w sądzie składać zeznania obciążające niebezpiecznego przestępcę.
Po powrocie z więzienia syn podoficera zostaje znaleziony martwy na własnej imprezie powitalnej. Wszystkie zebrane w toku śledztwa dowody wskazują na winę wieloletniego przyjaciela Kassie, Dantego.
Zbliża się Halloween. Detektywi wpadają na trop seryjnego mordercy. Psychopata zamieszcza na stronach internetowych wskazówki dotyczące następnej ofiary. Dla agentów rozpoczyna się wyścig z czasem.
Członkowie zespołu rozpoczynają dochodzenie w sprawie morderstwa żołnierza piechoty morskiej. Podczas śledztwa detektywi odkrywają w motelu w stanie Virginia system kamer szpiegowskich zamontowanych w celu prowadzenia transmisji na żywo.
Podczas napadu na bank w Quantico zostaje zamordowany jeden z ochroniarzy. Agenci, kierując się wskazówkami, których dostarczyła podobna sprawa sprzed pół roku, dochodzą do wniosku, że w napad zamieszany jest syn ofiary.
Członkowie zespołu prowadzą śledztwo dotyczące morderstwa muzyka z elitarnej orkiestry marynarki wojennej. Gibbs niespodziewanie musi wziąć wolne w pracy. Przekazuje dowodzenie McGee.
Gibbs zostaje zmuszony do zmierzenia się z konsekwencjami swojej decyzji. Agent udziela Zivie pomocy w realizacji ostatniego zadania, które musi ona wykonać, by wrócić do drużyny.
Ekipa prowadzi śledztwo w sprawie katastrofy F-18 i późniejszego zaginięcia pilota. McGee rozmawia ze współpracownikami na temat bardzo osobistej decyzji. Robi to niechętnie.
W miejscu testowania bezzałogowych statków powietrznych odnaleziono zwłoki. Członkowie ekipy muszą wyjaśnić, czy śmierć jest skutkiem nieszczęśliwego wypadku, czy nastąpiła w wyniku morderstwa.
Niespodziewanie Torres i Bishop ulegają wypadkowi. Zostają potrąceni przez samochód. Po incydencie Torres znajduje się na oddziale intensywnej terapii, gdzie walczy o życie.
Phillip Brooks, przyjaciel Gibbsa, poznaje kobietę na portalu randkowym. Nieoczekiwanie okazuje się, ona główną podejrzaną w sprawie morderstwa. W walentynki wychodzi na jaw, że Sloane ma tajemniczego adoratora.
Ekipa bada okoliczności samobójstwa emerytowanego oficera marynarki. Zmarły zostawił Narodowemu Muzeum Marynarki Wojennej cenną monetę. Istnieją obawy, że pochodzi ona z kradzieży.
Członkowie zespołu badają sprawę zabójstwa podoficera marynarki, który został pozbawiony życia w identyczny sposób jak jego rodzice przed dziesięcioma laty. Natrafiają na szokujące znalezisko.
Ekipa prowadzi dochodzenie w sprawie śmierci technika marynarki wojennej. Jego ciało zostało znalezione dryfujące w jeziorze w pobliżu miejsca, gdzie ma miejsce popularna impreza plenerowa. Córka Sloane, Faith, zaskakuje matkę niespodziewaną prośbą.
Jenny jedzie do Los Angeles na pogrzeb emerytowanego agenta specjalnego NCIS, Williama Deckera. Tony i Ziva mają ją chronić. Według wyników sekcji zwłok Decker popełnił samobójstwo. Jenny uważa, że został zamordowany.
Dochodzi do napadu. Po jego nieudanym zakończeniu trzech uzbrojonych bandytów ucieka. Napastnicy postanawiają ukryć się w barze, w którym w tym samym czasie Palmer i Kasie spożywają posiłek. Zdesperowani przestępcy biorą zakładników.
Gibbs przyjeżdża do restauracji Williama Deckera, gdzie Tony i Ziva zabezpieczają dowody zbrodni. Leon Vance przejmuje dowodzenie w śledztwie w sprawie śmierci Jenny Shepard. Gibbs rozpoczyna prywatne dochodzenie.
Zespół wyjaśnia okoliczności włamania do siedziby admirała. Pewien senior twierdzi, że jest weteranem bitwy o Pearl Harbor. Pragnie, by po śmierci jego szczątki złożono na okręcie USS Arizona.