Dječak priznaje kako je njegov otac oteo drugo dijete, međutim istraga otkriva da je upravo i on možda bio otet te da mu muškarac zapravo ni nije otac.
Zespół Bravo usiłuje zapobiec atakowi terrorystycznemu. Muszą jak najszybciej namierzyć wroga i go aresztować. Jason musi podjąć trudną decyzję. Wątpliwości, które ma, nie pomagają mu w tym.
Członkowie zespołu Bravo uciekają z płonącego samochodu. Sprawy osobiste Jasona krzyżują się zawodowymi, przez co plany jednostki napotykają problemy. Agent jest zmuszony do podjęcia ciężkiej decyzji, która może wpłynąć na życie i pracę jego kolegów.
Zespół dyskutuje na temat długotrwałego udziału Ameryki w wojnie z organizacjami terrorystycznymi. W tym czasie jednostka Bravo ponownie udaje się do Afganistanu, gdzie kontynuuje walkę z talibami.
Zespół Jasona trafia do szpitala po nieudanej misji. Clay próbuje ustalić, co poszło podczas niej nie tak. Przesłuchuje przytomnych członków ekipy, by dowiedzieć się, co pamiętają z ostatnich wydarzeń.
Zespołowi Bravo zostaje przydzielona kolejna misja. Tym razem żołnierze udają się do Ameryki Południowej. Napięcia związane z objęciem przywództwa przez Jasona osiąga punkt ekstremalny.
Zespół Bravo nadal działa w Ameryce Południowej, starając się zniweczyć irański projekt nuklearny. Adrenalina towarzysząca żołnierzom w akcji wzmaga tarcia pomiędzy nimi.
Rekonwalescencja Jasona nie przebiega pomyślnie. Mężczyzna toczy walkę z najskrytszymi lękami. Clay i Sonny zmuszeni są wziąć pewne sprawy we własne ręce.
Kolejna akcja członków najbardziej elitarnego oddziału sił specjalnych w amerykańskiej marynarce wojennej ma miejsce w Wenezueli. Drużyna Bravo ma za zadanie zakończyć tam program jądrowy.
Drużyna Bravo wciąż jest w Wenezueli, gdzie zmuszona jest podjąć ryzykowną próbę ucieczki. Po powrocie do Virginia Beach żołnierze znajdują się w sytuacji, która okazuje się dla nich jeszcze bardziej ekstremalna.
Produkcja SEAL Team śledzi losy członków najbardziej elitarnego oddziału sił specjalnych amerykańskiej marynarki wojennej. W serialu zobaczymy jak trenują, planują i biorą udział w najniebezpieczniejszych misjach różnych zakątkach świata. Życie pod rygorem, wyjazdy na śmiertelnie niebezpieczne akcje ma także ogromny wpływ na ich rodziny, psychikę i życie prywatne. Kapitanem oddziału jest Jason Hayes (znany z seriali Kości i Buffy: Postrach wampirów David Boreanaz). W skład jego drużyny wchodzą: Ray Perry, prawa ręka Jasona; Sonny Quinn, zdolny i lojalny żołnierz, który boryka się z tendencjami do zachowań samo destrukcyjnych; Clay Spenser, młody żołnierz, który na stałe chce zostać członkiem oddziału; Mandy Ellis, analityczka CIA, której życiowym celem jest walka z terroryzmem oraz Lisa Davis, odpowiedzialna za zaopatrzenie drużyny w potrzebny sprzęt przed każdą misją.