Mężczyzna ginie w wyniku eksplozji bomby, która została mu doręczona do domu w paczce. Członkowie ekipy podejmują działania, by ująć sprawcę i przejąć kolejną niebezpieczną przesyłkę.
Podczas quinceanery dochodzi do strzelaniny, w której giną dwie osoby. Członkowie zespołu podejrzewają jednak, że celem zamachowców mógł być ktoś inny.
Uprowadzono dziewczynę spędzającą wakacje z bliskimi w domku letniskowego. Zespół ustala, że porwana może mieć związek z rodzinną tajemnicą. Maggie dowiaduje się, że Nestor nie był on z nią szczery.
Napad na zakład chemiczny kończy się śmiercią celników. Agenci są zmuszeni przeniknąć do gangu narkotykowego, by zniszczyć go od środka. Swoją pomoc w operacji oferuje im Nestor, przez co Maggie zaczyna mieć o nim coraz bardziej przychylne zdanie.
Członkowie zespołu poszukują zabójcy, który zamordował pozornie niezwiązanych ze sobą ludzi. W tym samym czasie nowa agentka Tiffany Wallace stara się pogodzić pracę w agencji z odpowiedzialnością, jaką czuje wobec swojej społeczności jako Afroamerykanka.
Dochodzi do eksplozji bomby. W jej wyniku giną trzy osoby. Członkowie ekipy starają się pozyskać potrzebne wiadomości od informatora, który stawia opór. Przyjaciele przesłuchiwanego znajdują się w kręgu podejrzanych.
Uprowadzono reporterkę. Ekipa analizuje przeszłe związki ofiary, by zidentyfikować motywy porywacza. Gdy okazuje się, że w sprawę zamieszany jest chłopak Isobel, Ethan, ich związek przechodzi próbę.
Agenci podejmują wspólne działanie z policją nowojorską. Celem jest ujęcie dwóch bandytów, którzy dokonują napadów na banki w maskach zwierząt. Wkrótce dochodzenie przybiera szokujący obrót dla części funkcjonariuszy z obu wydziałów.
Mężczyzna ginie w wyniku eksplozji bomby, która została mu doręczona do domu w paczce. Członkowie ekipy podejmują działania, by ująć sprawcę i przejąć kolejną niebezpieczną przesyłkę.
Członkowie ekipy prowadzą poszukiwania dwojga lekarzy uprowadzonych przez zdesperowanego ojca. Mężczyzna jest gotowy podjąć każde ryzyko, by ratować syna. Sprawy rodzinne Jubala odbijają się na jego zdolności oceny sytuacji.
Prezes jednej z firm brokerskich zostaje zastrzelony. Członkowie zespołu usiłują ustalić, kto mógł najwięcej stracić na matactwach jego przedsiębiorstwa. Podczas dochodzenia wychodzą jego sekrety.
Pięciu wpływowych mężczyzn zostaje zamordowanych w modnej nowojorskiej restauracji. Agenci rozpoczynają dochodzenie. Podczas akcji nawiązują kontakt z jednym z podwładnych Antonio Vargasa. Dochodzi do konfrontacji pomiędzy Isobel a szefem kartelu.
Serial FBI opowiada historię agentów pracujących w nowojorskim oddziale amerykańskiego Federalnego Biura Śledczego. Elitarna jednostka, złożona z najlepszych specjalistów, wykorzystuje wszystkie swoje umiejętności, intelekt i najnowsze technologie w najważniejszych sprawach kryminalnych. Wszystko po to, żeby chronić kraj i mieszkańców jednego z największych miast świata. Agentka Specjalna, Maggie Bell, pochodzi z rodziny, która od pokoleń związana jest ze służbą w policji i za wszelką cenę chce bronić ofiar przestępstw, które prowadzi. Jej partner, Agent Specjalny Omar Adom "OA" Zidan, ukończył West Point i pracował wcześniej jako agent DEA. Ich szefową jest Isobel Castille, agentka z wieloletnim doświadczeniem. Zespołowi pomagają również Jubal Valentine, która świetnie motywuje kolegów, była policjantka, Tiffany Wallace, oraz jej partner Stuart Scola, były finansista z Wall Street. Cały zespół pracuje nad sprawami z zakresu terroryzmu, przestępczości zorganizowanej oraz szpiegostwa.