Angus i Jack natrafiają na ściganego listem gończym Douglasa Bishopa, który utrzymuje, że zmuszano go do współpracy ze skorumpowanym agentem FBI. Okazuje się, że życie uciekiniera jest zagrożone.
Mac i jego zespół jedzie do Ghany, by przyjrzeć się wysypisku toksycznych odpadów. Matty jednak dziwnie się zachowuje, odmawiając ujawnienia wszystkich informacji, związanych ze sprawą.
Do Maca zgłasza się agent brytyjskiego wywiadu z informacją o miejscu pobytu Ducha. Mac, Wilt i Riley wraz z Charliem i agentem udają się za granicę, mając nadzieję na złapanie konstruktora bomb.
Z Centrum Kontroli i Prewencji Chorób w Atlancie zostaje wykradziona próbka śmiercionośnego wirusa. Mac wraz z zespołem muszą ją przejąć, nim złodziej wywoła pandemię.
Matty odkrywa, że jej mąż Ethan żyje i może zostać zdemaskowany. Wysyła zespół, by uratował więźnia znającego jego dokładne położenie. Następnie prosi drużynę, by pospieszyła Ethanowi z pomocą.
Mac i Jack udają się na wycieczkę do Las Vegas, ale zostają porwani i uwięzieni w betonowym pomieszczeniu przez osobę znaną z przeszłości. Matty zleca Riley, Bozerowi i Leannie kradzież diamentu.
Zespół stara się namierzyć bombę atomową. Podszywają się pod grupę złodziei, którzy mieli ją ukraść. Aby poradzić sobie z ochroną, potrzebują jednak pomocy Charlotte, przywódczyni prawdziwych złodziei. Ona tymczasem ma zupełnie inne plany.
Podczas weekendowego szkolenia survivalowego Mac, Riley i Bozer natrafiają na grupę agresywnych przestępców, szukających zgubionej skrzynki z pieniędzmi. Jack i Matty udają się na wyprawę, by objąć Ethana i jego rodzinę programem ochrony świadków.
Szef międzynarodowego gangu twierdzi, że odda się w ręce władz, jeśli dostanie zezwolenie na powrót do USA i będzie mógł uczestniczyć w ślubie swojej córki. Mac wraz z zespołem udają się na wesele, by upewnić się, że przestępca nie ucieknie.
MacGyver i jego zespół poznają Desi, nową agentkę Fundacji Feniks. Następnie dostają zlecenie eskorty i ochrony wyszkolonego do wykrywania broni psa. Za zabicie zwierzęcia wyznaczono nagrodę.
Fundacja Feniks musi odnaleźć ciało pilota, którego samolot rozbił się podczas testów opracowanego przez Maca eksperymentalnego systemu mapowania laserowego. Riley próbuje ustalić tożsamość hakera.
Mac, Desi i Riley starają się namierzyć złodzieja, który zabił strażnika i skradł drogocenne nasiona. Wilt i Leanna śledzą Oversighta po tym, jak Mac zauważa, że jego ojciec zachowuje się podejrzanie.
Nicholas Helman ma zamiar dokonać serii zabójstw. Zespół musi zwrócić się o pomoc do osoby, która zna go najlepiej. Wybór pada na jego protegowanego, Murdoca.
Angus i Jack natrafiają na ściganego listem gończym Douglasa Bishopa, który utrzymuje, że zmuszano go do współpracy ze skorumpowanym agentem FBI. Okazuje się, że życie uciekiniera jest zagrożone.