Angus i Jack natrafiają na ściganego listem gończym Douglasa Bishopa, który utrzymuje, że zmuszano go do współpracy ze skorumpowanym agentem FBI. Okazuje się, że życie uciekiniera jest zagrożone.
Dawny pracownik MI6 werbuje do współpracy członków fundacji Feniks. Z pomocą Maca, Rileya, Bozera, Matty i Desi musi odnaleźć broń biologiczną, która ma zostać użyta przez tajemniczą organizację.
Generał powierza fundacji Feniks ważne zdanie. Jej członkowie mają przetestować zabezpieczenia laboratorium wojskowego i spróbować ukraść z niego nowoczesny chip.
Pilot samolotu dostaje zawału. Ekipa Angusa musi w trakcie lotu dostać się do środka maszyny. Wkrótce okazuje się, że sytuacja mogła zostać sfingowana.
Angus wykonuje misję w Niemczech. Ratuje tam ocalałych ze zniszczonego budynku. Okazuje się, że pod zgliszczami znajduje się odkryta niezdetonowana bomba z czasów II wojny światowej.
Desi inwigiluje organizację piłkarską, która dopuszcza się ustawiania meczów. Zamierza poznać tożsamość skorumpowanego zawodnika, który pracuje dla oszustów.
Emilia, dawniej ukochana Russa, zostaje porwana przez rebeliantów. Pracownicy organizacji Feniks udają się do małej wioski, aby uratować dziewczynę z rąk złoczyńców.
Mac i Desi wybierają się na podwójną randkę. W jej trakcie widzą, jak dochodzi do morderstwa. Rozpoczyna się obława na sprawcę. Tymczasem Riley stara się ukryć przed ukochanym prawdę o swojej pracy.
Hakerzy przejmują kontrolę nad zasilaniem w całym Los Angeles i odcinają je. Angus oraz jego współpracownicy ustalają, że do ataku posłużono się kodem programistycznym, który przed laty napisała Riley.
W ramach kolejnej misji Mac zostaje wprowadzony w stan świadomego snu. Umożliwia mu to przypomnienie sobie ważnych dowodów z tajnego laboratorium Nikoli Tesli, które mogłyby powstrzymać Codex.
Mac zostaje umieszczony w jednym pomieszczeniu z ważnym członkiem Codeksu, znanym jako Kupiec. Musi zdobyć jego zaufanie, aby dowiedzieć się, jakie są dalsze plany działań organizacji.
Ciotka MacGyvera opowiada mu o rodzinie oraz więzach krwi. Udaje jej się przekonać Angusa i Riley, aby wstąpili do organizacji Codex. Matty i Russ pozostają nieufni względem Codexu i powiadamiają o tym służby Białego Domu.
Angus i Jack natrafiają na ściganego listem gończym Douglasa Bishopa, który utrzymuje, że zmuszano go do współpracy ze skorumpowanym agentem FBI. Okazuje się, że życie uciekiniera jest zagrożone.