Członkowie zespołu prowadzą pościg za niebezpiecznym handlarzem bronią. Bishop zaskakuje drużynę swoimi nowymi umiejętnościami. Gibbs i Marcie zaczynają podejrzewać, że poszukiwany przez nich morderca, wie o ich działaniach.
Ziva udziela Gibbsowi tajemniczego ostrzeżenia. Agent zaczyna rozważać, dlaczego spędziła ona tyle lat w ukryciu, po tym jak upozorowała swoją śmierć. Zastanawia się również nad tym, co sprawiło, że postanowiła wrócić.
Agentka Kate Todd nadzoruje w samolocie Air Force One pracę oficera marynarki Raya Trappa, który od niedawna ochrania głowę państwa. Podczas lotu oficer zostaje zaproszony przez prezydenta na lunch. Tuż po posiłku umiera.
Zostają uprowadzone żona i 9-letnia niewidoma córka kapitana marynarki wojennej. Porywacz żąda wielkiego okupu. Kapitana więzi w biurze. Obserwuje go za pomocą kamery internetowej. Gibbs ma plan wyjścia z sytuacji.
Kapral piechoty morskiej Fuentes zginął podczas skoku ze spadochronem. Dotąd nigdy nie opuszczało go szczęście. Abby bada spadochron, który nie otworzył się podczas lotu. Znajduje na nim odciski palców i ślady kwasu.
Znaleziono zwłoki. Ciało przymocowano do podwozia ciężarówki, która jechała do bazy marynarki wojennej. Ekipa pracuje nad odnalezieniem podejrzanego. Przemierzają trasę pokonaną przez auto.
W Wirginii morze wyrzuca na brzeg ciało oficera marynarki Briana Farrella. Wkrótce są i zwłoki dwóch handlarzy narkotyków. Policja jest przekonana, że zabójstwa są ze sobą powiązane. Ofiary zginęły z tej samej broni.
Zespół detektywów wiążę tajemniczą zbrodnię na Cmentarzu Narodowym w Arlington z atakami na bezdomnych weteranów. Vance domaga się, aby McGee, Bishop i Torres posprzątali pokój z dowodami. To zadanie ma stanowić dla nich karę za ukrywanie informacji.
U wybrzeży Bahamów morze wyrzuca na brzeg ciało marynarza. Okazuje się, że jest to 19-letni członek załogi statku USS Foster - Russell MacDonald. Gibbs znajduje w rzeczach Russela książkę o sztuce walki mieczem.
Ekipa prowadzi dochodzenie w sprawie kapral piechoty morskiej. W domu żołnierki została znaleziona broń palna, która stanowi dowód w jednej ze spraw. Kobieta nie jest jednak w żaden sposób związana z ofiarą, a w czasie gdy dokonano zabójstwa spała.
Myśliwy znajduje w lesie zbiornik zrzucony z samolotu F-14 Tomcat, a w nim ciało oficera marynarki wojennej. Ofiarą jest porucznik Schilz, który zaginął na morzu w 1994 r. Sekcja zwłok wykazuje, że Schilz został zamordowany.
Po powrocie z więzienia syn podoficera zostaje znaleziony martwy na własnej imprezie powitalnej. Wszystkie zebrane w toku śledztwa dowody wskazują na winę wieloletniego przyjaciela Kassie, Dantego.
Członkowie zespołu rozpoczynają dochodzenie w sprawie morderstwa żołnierza piechoty morskiej. Podczas śledztwa detektywi odkrywają w motelu w stanie Virginia system kamer szpiegowskich zamontowanych w celu prowadzenia transmisji na żywo.
Członkowie zespołu prowadzą śledztwo dotyczące morderstwa muzyka z elitarnej orkiestry marynarki wojennej. Gibbs niespodziewanie musi wziąć wolne w pracy. Przekazuje dowodzenie McGee.
Zespół prowadzi dochodzenie w sprawie zabójstwa podoficera. Przebieg całego zdarzenia był transmitowany na żywo na modnej aplikacji dla graczy. Sąsiadka Gibbsa prosi go, by zajął się jej 9-letnim synem. Kobieta musi nagle wyjechać z miasta.
Oficerowie piechoty morskiej Kidwell i Peary zmarli w niewyjaśnionych okolicznościach. Ich żony Sarah i Lisa otrzymały zaplombowane trumny. Po pogrzebie do Sarah dzwoni mężczyzna, który twierdzi, że jest jej mężem.
Kobieta, która została pochowana żywa, wydostaje się z grobu. Nie pamięta, kim jest, ale wie, że na statku marynarki wojennej ma wkrótce wybuchnąć bomba. Agenci rozpoczynają śledztwo i znajdują martwego Richtera.
Analityk CIA staje się świadkiem morderstwa. Na miejsce przybywa Gibbs ze swoim zespołem. Znajdują ciało porucznika Thomasa Egana. Okazuje się, że w dniu śmierci Egan miał testować nowy model sonaru, które zniknął.
Charakterystyczny tatuaż wskazuje, że zwłoki należą do żołnierza marynarki. Śledztwo prowadzi detektywów do zmarłego przed dwoma laty na zawał Thomasa Dorna. Podejrzaną o zabójstwo staje się jego siostra, która otrzymała wysokie odszkodowanie.
Sierżant Alvarez ginie od kuli snajpera w trakcie rozmowy rekrutacyjnej. W sąsiednim stanie dochodzi do podobnego zabójstwa, w którym ofiarą jest również oficer marynarki wojennej zajmujący się rekrutacją.
Niespodziewanie Torres i Bishop ulegają wypadkowi. Zostają potrąceni przez samochód. Po incydencie Torres znajduje się na oddziale intensywnej terapii, gdzie walczy o życie.
Porucznik marynarki wojennej Wayne Julius zostaje zastrzelony na poboczu drogi. Agenci służb śledczych wszczynają dochodzenie. Szeryf Dupray przypomina sobie podobne morderstwo, po którym został dowód w postaci DNA mordercy.
Phillip Brooks, przyjaciel Gibbsa, poznaje kobietę na portalu randkowym. Nieoczekiwanie okazuje się, ona główną podejrzaną w sprawie morderstwa. W walentynki wychodzi na jaw, że Sloane ma tajemniczego adoratora.
Gibbs dowiaduje się, że jego były dowódca, pułkownik Ryan, zdezerterował z bazy w Iraku. Jest podejrzany o zabójstwo żołnierza i przywłaszczenie pieniędzy Husajna. Agent wierzy w niewinność Ryana. Podejrzewa spisek.
Ekipa bada okoliczności samobójstwa emerytowanego oficera marynarki. Zmarły zostawił Narodowemu Muzeum Marynarki Wojennej cenną monetę. Istnieją obawy, że pochodzi ona z kradzieży.
Ducky i Gerald zostają wezwani do przeprowadzenia sekcji. Jednak z worka na zwłoki wychodzi mężczyzna z pistoletem i bierze ich jako zakładników. Chce zobaczyć ciało ofiary ostatniej strzelaniny - terrorysty Qassama.
Członkowie zespołu badają sprawę zabójstwa podoficera marynarki, który został pozbawiony życia w identyczny sposób jak jego rodzice przed dziesięcioma laty. Natrafiają na szokujące znalezisko.
Podczas imprezy z podwieszanego sufitu w męskiej toalecie spada ciało podoficera Chrisa Gordona. Na miejscu zdarzenia pojawia się Gibbs, Kate, Tony oraz Ducky i rozpoczynają dochodzenie. Ofiara zmarła na skutek urazu głowy.
Jack Curtin, skazany za zabójstwo żony, ucieka z więzienia. Służył w oddziale specjalnym marynarki wojennej i ujęcie go zostaje powierzone Gibbsowi. Teraz pragnie udowodnić swoją niewinność i zabić mordercę żony.
Agent Pacci zostaje brutalnie zamordowany. Zespół Gibbsa rozpoczyna poszukiwania zabójcy. Śledztwo ujawnia, że Pacci wznowił dochodzenie w sprawie porucznika Vossa, podejrzewanego o wyłudzenie od wojska milionów dolarów.
Zaginął Bill Atlas, sierżant marynarki wojennej. Gibbs, Kate i Tony rozpoczynają poszukiwania. Udają się do baru, w którym po raz ostatni widziano zaginionego w towarzystwie reporterki. Tropy prowadzą do majora Joe Sacco.
Żołnierz piechoty morskiej zostaje zamordowany. Gibbs i jego zespół zostają wezwani na miejsce zbrodni. Ofiarą jest sierżant Grimm. Kate przesłuchuje żołnierzy. Agenci podejrzewają, że prowadzą nielegalny handel bronią.
Podczas ćwiczeń przed tajną misją porucznik oddziału specjalnego marynarki wojennej spada z klifu i ginie na miejscu. Agenci ustalają, że zamiast ze stali jego sprzęt został wykonany z aluminium...
Agenci próbują ustalić tożsamość terrorysty z Hamasu. Kate zostaje porwana i wywieziona na farmę. Dowiaduje się tam, że terroryści chcą zestrzelić helikopter z prezydentem Bushem i premierem Izraela.