Członkowie zespołu prowadzą pościg za niebezpiecznym handlarzem bronią. Bishop zaskakuje drużynę swoimi nowymi umiejętnościami. Gibbs i Marcie zaczynają podejrzewać, że poszukiwany przez nich morderca, wie o ich działaniach.
Gibbsa prześladuje myśl, że kula, która zabiła Caitlin, była przeznaczona dla niego. Poprzysiągł zemstę Ariemu Haswari, chociaż nie ma pewności, że to on strzelał. Nowym dyrektorem NCIS zostaje dawna miłość Gibbsa.
Ari sieje zamęt wśród agentów. Traktuje członków zespołu jak pionki. Snajper strzela do Gibbsa i Shepard. Gibbs podejrzewa Zivę o kontakty z Arim. Zmienia zdanie, gdy staje twarzą w twarz ze swoim śmiertelnym wrogiem.
Dziesięć lat temu Gibbs pomógł w ujęciu seryjnego zabójcy. Gubernator stanu Wirginia chce, aby agent spotkał się ze skazańcem i spróbował uzyskać informacje na temat miejsca, gdzie ukrył on ciała swoich ofiar.
Ciało zaginionego sierżanta zostaje znalezione w grobowcu pochodzącym z czasów wojny secesyjnej. Najprawdopodobniej żołnierz, gdy był chowany, jeszcze żył. Miał ze sobą telefon komórkowy. Abby ustaliła, że przed śmiercią dzwonił do banku.
Zamordowany zostaje podoficer marynarki wojennej. Okazuje się, że prowadził podwójne życie. Przyjął tożsamość byłego kolegi, który zajmował się przewozem nielegalnych towarów. Agenci NCIS szukają zabójcy.
Dwie znudzone gospodynie domowe, których mężowie służą w Iraku, prowadziły erotyczną stronę w Internecie. Agenci zostają wezwani, gdy obie kobiety zniknęły, a w Internecie pojawiło się nagranie dokumentujące śmierć jednej z nich.
Sześcioletni chłopiec powiadamia agentów, że jego ojciec został porwany. Zaginiony mężczyzna posiadał kody umożliwiające dostęp do tajnych danych, które zostały skradzione. Uprowadzenie może być mistyfikacją...
Ginie małżeństwo płatnych zabójców. Tony i Ziva muszą znaleźć osobę, która była ich zleceniodawcą. Tymczasem Gibbs odkrywa, że nie tylko jego zespół interesuje się tą sprawą.
Detektywi prowadzą dochodzenie w sprawie śmierci kobiety, której ciało znaleziono w bazie Quantico. Według ekspertyzy głównym podejrzanym jest Tony. Dla Abby udowodnienie niewinności Tony'ego staje się sprawą osobistą.
McGee zostaje oskarżony o zabicie policjanta. Shepard zezwala policji na prowadzenie własnego dochodzenia. Zdenerwowany Gibbs razem z całym zespołem postanawia udowodnić, że działania, jakie podjął ich kolega, były w pełni uzasadnione.
Zespół Gibbsa prowadzi dochodzenie w sprawie śmierci modelki występującej w reality show kręconym na terenie bazy korpusu piechoty morskiej. Agenci odkrywają skomplikowany układ miłosny, w jaki była wplątana ofiara.
Ziva i Tony zostali uwięzieni w kontenerze znajdującym się na terenie stoczni. Abby stara się zlokalizować agentów za pomocą sygnału w ich telefonach komórkowych.
Komandor, która odpowiada za przewóz broni jądrowej, zostaje uprowadzona. Ma przy sobie telefon komórkowy, agenci próbują więc określić miejsce jej pobytu. Zespół Gibbsa musi jak najszybciej odnaleźć uprowadzoną.
Zamordowano żony dwóch żołnierzy piechoty morskiej. Agenci podejrzewają, że zabójstwa miały podłoże rasowe. Próbują znaleźć sprawcę zbrodni. Jednocześnie muszą chronić następną potencjalną ofiarę szaleńca wraz z jej nowo narodzonym dzieckiem.
Zespół NCIS urządza obławę na żołnierzy piechoty morskiej, którzy prowadzą sklep z częściami pochodzącymi z kradzionych samochodów. Na tylnym siedzeniu jednego z aut agenci znajdują odciętą głowę.
Grupa nastolatków znajduje identyfikatory żołnierzy piechoty morskiej. Gibbs przypuszcza, że wpadli na trop seryjnego mordercy, który w przeszłości zabijał ofiary w parku.
W bazie Quantico pewien licealista bierze swoich kolegów na zakładników. Grozi zdetonowaniem przymocowanej do ciała bomby. Gibbs pertraktuje z nastolatkiem. Podejrzewa, że chłopak nie działa sam.
W zamarzniętym jeziorze zostają odnalezione ciała czterech osób. Jedna z ofiar zostaje zidentyfikowana jako zaginiony żołnierz piechoty morskiej. Pozostali byli członkami miejscowego gangu.
Podejrzana o szpiegostwo kobieta popełnia samobójstwo. Agenci znajdują dowody, że w chwili śmierci nie była sama. Rozpoczynają poszukiwania mordercy w nadziei na rozwiązanie afery szpiegowskiej.