McGee oraz jego żona spędzają wakacje na Bahamach. Przerywają wypoczynek, gdy okazuje się, że śledztwo dotyczące morderstwa kierownika escape roomu ma związek z wyspą, na której się przebywają.
Agenci NCIS odkrywają, że pracującego nad tajnym projektem porucznika Marynarki zabił robot 'Otto'. Niewiele brakuje, by przez tę maszynę zginęła również Abby...
W podmiejskim motelu został znaleziony martwy wysokiej rangi oficer wywiadu marynarki. Na miejscu zbrodni Gibbs dowiaduje się, że lokalne władze już od trzech dni prowadzą dochodzenie w tej sprawie.
Poszukiwany na całym świecie niebezpieczny terrorysta zdobywa najnowocześniejszą broń chemiczną i grozi atakiem na miasta w USA. Agenci NCIS rozpoczynają współpracę z wojskowymi detektywami.
Donald "Ducky" Mallard musi wziąć udział w tajnej misji, która ma powstrzymać proceder sprzedawania broni produkowanej według najnowszej wojskowej technologii. Gibbs organizuje spotkanie Ducky'ego z potencjalnym kupcem.
W niezamieszkanym budynku znaleziono ciało młodego marine. Początkowo agenci NCIS i policjanci sądzą, że zmarł w wyniku nadmiernego spożycia alkoholu. Wkrótce zostaje odnaleziony ślad, który wnosi wiele do śledztwa.
Do agentów dociera anonimowe doniesienie o planowanym zamachu terrorystycznym. Alarm okazuje się fałszywy. Akcja już została podjęta, w jej wyniku zginęło dwóch członków zespołu NCIS. Pozostali szukają sprawcy zbrodni.
Agenci poszukują zabójcy oficera marines. McGee odkrywa, że pewne fakty dotyczące ofiary są identyczne z fikcyjnymi wątkami jego najnowszej powieści. Agenci podejrzewają, że zbrodni dokonał psychopatyczny czytelnik książki.
Dyrektor NCIS Jenny Shepard szuka handlarza bronią. Spotyka się w tej sprawie z tajnym informatorem. Mężczyzna ginie, nie zdążywszy wyjawić wiadomości. Gibbs i jego koledzy próbują ustalić, co wiedziała ofiara.
DiNozzo i jego ludzie badają sprawę podejrzanej śmierci oficera Lynna, zamieszanego w malwersacje. Korzystają z pomocy fotografa o nadzwyczajnej intuicji. Mężczyzna bada miejsce zbrodni i wskazuje nowe dowody.
Jenny Shepard wyjeżdża, a jej obowiązki przejmuje Gibbs. Zajmuje się on sprawą zabójstwa. Ofiara została znaleziona w taksówce pod siedzibą NCIS. Podczas śledztwa wychodzi na jaw sekret z przeszłości rządowej agencji.
Dyrektor NCIS Jenny Shepard wraca z podróży po Europie, gdzie prowadziła prywatne śledztwo w sprawie swego ojca. W Rosji zdobyła nowe cenne informacje. Gibbs i jego zespół zostaną poddani testom wykrywaczem kłamstw.