Zespół zostaje wezwany do śledztwa w sprawie porwania kontradmirała Teda Gordona z jego własnego domu. Kensi ma trudności w byciu wyluzowanym rodzicem. Deeks ze swoją mamą szuka mieszkania.
Ekipa odwiedza Waszyngton. Powodem jest przejście na emeryturę byłego profesora. Agenci są zmuszeni przeprowadzić dochodzenie w sprawie jego samobójstwa. Odkrywają, że ktoś chce ich zabić.
W Utah terroryści atakują byłego żołnierza Navy Seal, obecnie autora bestsellerów. Fatima i Kenzi muszą podjąć współpracę z funkcjonariuszem Departamentu Sprawiedliwości oraz agentem CIA, który pełni funkcję tymczasowego specjalnego zastępcy komendanta.
Członkowie zespołu prowadzą pilne poszukiwania Kensi i Fatimy. Kobiety zostają porwane w trakcie działań poszukiwawczych zaginionego porucznika marynarki wojennej. Agentki odkryły, że mężczyzna jest związany z niebezpieczną islamską bojówką.
Tajemnicza napastniczka atakuje założyciela firmy zajmującej się sztuczną inteligencją. Członkowie zespołu otrzymują zadnie zidentyfikowania kobiety, zanim rozpocznie się poważny globalny konflikt.
Członkowie zespołu badają okoliczności śmierci podoficera. Przy jego ciele zostaje znaleziony rzekomy list pożegnalny. W tym samym czasie Callen i Anna zaczynają organizować ślub. Sam i jego córka odbywają szczerą rozmowę.
Do drużyny dociera tajemnicza wiadomość. Fatima i Rountree są zmuszeni do podjęcia współpracy. W tym czasie Killbride planuje odwiedziny u syna. Callen prosi Sama, by został on jego drużbą.
Agenci NCIS to spin-off słynnego serialu „Agenci NCIS". Chris O'Donnell wciela się w rolę Callena, agenta specjalizującego się w tajnych misjach. Raper i aktor LL Cool J gra agenta specjalnego, Sama Hannę, byłego członka Navy SEALs i eksperta do spraw Bliskiego Wschodu. Wraz ze wspierającą ich ekipą agenci pracują nad tajemniczymi i nieraz wstrząsającymi zagadkami kryminalnymi. Po premierze serial był chwalony za świetne przedstawienie Los Angeles, intrygujące postacie i inteligentny scenariusz wyróżniający go spośród innych seriali policyjnych.