Do drużyny dociera tajemnicza wiadomość. Fatima i Rountree są zmuszeni do podjęcia współpracy. W tym czasie Killbride planuje odwiedziny u syna. Callen prosi Sama, by został on jego drużbą.
Ekipa poszukuje dwóch porwanych architektów, którzy specjalizują się w projektowaniu wysoce chronionych budynków. Deeks i Kensi stają przed wyzwaniem. Muszą znaleźć osobę, która pomoże Rosie w nauce.
Ekipa NCIS podejmuje współpracę z FBI. Wspólnie badają sprawę grupy morderców określanych jako "zszywacze ciał", którzy kilka lat wcześniej uniknęli schwytania. Ojciec Sama i Arkady zaprzyjaźniają się.
Aiden Hanna zostaje oskarżony po popełnienie poważnego błędu, który doprowadził do katastrofy jego samolotu. Ekipa rozpoczyna trudne śledztwo. Agenci zamioerzają oczyścić imię mężczyzny.
Zespół prowadzi sprawę kobiety, którą widziano podczas ucieczki z miejsca zamordowania jej męża. Roberta Deeks pojawia się w mieście, by spotkać się z Rosą. Sam poszukuje kolejnego opiekuna dla swojego ojca.
Zespół zostaje wezwany do śledztwa w sprawie porwania kontradmirała Teda Gordona z jego własnego domu. Kensi ma trudności w byciu wyluzowanym rodzicem. Deeks ze swoją mamą szuka mieszkania.
Żołnierz piechoty morskiej zapada na poważną chorobę po ataku bronią genetyczną. Członkowie zespołu poszukują sprawcy zamachu. Rosa choruje na grypę. W tym czasie Deeks ma problemy z zachowaniem równowagi pomiędzy pracą a życiem rodzinnym.
Ekipa bada sprawę podpalenia przedsiębiorstwa, które zajmuje się ochroną morską. Rountree znów nawiązuje kontakt ze swoją byłą partnerką. Killbirde przekazuje Callenowi dokumenty dotyczące Pembrook.
Zespół detektywów prowadzi sprawę strzelaniny na łodzi. W tym samym czasie ma miejsce kradzież artefaktu. Ekipa doznaje szoku, gdy odkrywa, kto jest właścicielem statku.
Ekipa odwiedza Waszyngton. Powodem jest przejście na emeryturę byłego profesora. Agenci są zmuszeni przeprowadzić dochodzenie w sprawie jego samobójstwa. Odkrywają, że ktoś chce ich zabić.
W Utah terroryści atakują byłego żołnierza Navy Seal, obecnie autora bestsellerów. Fatima i Kenzi muszą podjąć współpracę z funkcjonariuszem Departamentu Sprawiedliwości oraz agentem CIA, który pełni funkcję tymczasowego specjalnego zastępcy komendanta.
Członkowie zespołu prowadzą pilne poszukiwania Kensi i Fatimy. Kobiety zostają porwane w trakcie działań poszukiwawczych zaginionego porucznika marynarki wojennej. Agentki odkryły, że mężczyzna jest związany z niebezpieczną islamską bojówką.
Tajemnicza napastniczka atakuje założyciela firmy zajmującej się sztuczną inteligencją. Członkowie zespołu otrzymują zadnie zidentyfikowania kobiety, zanim rozpocznie się poważny globalny konflikt.
Członkowie zespołu badają okoliczności śmierci podoficera. Przy jego ciele zostaje znaleziony rzekomy list pożegnalny. W tym samym czasie Callen i Anna zaczynają organizować ślub. Sam i jego córka odbywają szczerą rozmowę.
Do drużyny dociera tajemnicza wiadomość. Fatima i Rountree są zmuszeni do podjęcia współpracy. W tym czasie Killbride planuje odwiedziny u syna. Callen prosi Sama, by został on jego drużbą.
Członkowie zespołu podejmują się rozwiązania sprawy z 2003 roku. Dotyczy ona zaginięcia podoficera marynarki wojennej. Kilbride i jego syn Alex pracują na odbudowaniem swojej relacji.
Ekipa prowadzi sprawę rezerwisty marynarki wojennej. Mężczyznę pchnięto nożem, a należące do niego laboratorium, w którym przetrzymywał pestycydy i owady, zostało ograbione. Kilbride proponuje Samowi tymczasowe objęcie stanowiska kierownika operacyjnego.
Czworo ludzi, w tym oficer CIA, ginie w biały dzień od postrzałów. Członkowie ekipy uważają, że napaść może mieć związek z programem DRONA. Podczas spotkania Pembrook zdradza Callenowi więcej szczegółów z jego przeszłości.
Znika agent ATF. Agencja zwraca się z prośbą o pomoc do członków ekipy NCIS. Muszą oni przeprowadzić dochodzenie w sprawie skradzionej broni wojskowej i odnaleźć zaginionego pracownika. Callen i Anna w dalszym ciągu planują swój ślub.
Agenci NCIS to spin-off słynnego serialu „Agenci NCIS". Chris O'Donnell wciela się w rolę Callena, agenta specjalizującego się w tajnych misjach. Raper i aktor LL Cool J gra agenta specjalnego, Sama Hannę, byłego członka Navy SEALs i eksperta do spraw Bliskiego Wschodu. Wraz ze wspierającą ich ekipą agenci pracują nad tajemniczymi i nieraz wstrząsającymi zagadkami kryminalnymi. Po premierze serial był chwalony za świetne przedstawienie Los Angeles, intrygujące postacie i inteligentny scenariusz wyróżniający go spośród innych seriali policyjnych.