Abby dołącza do grupy ekspertów do spraw bezpieczeństwa narodowego. Okazuje się, że w jej szeregach jest szpieg. Wkrótce okazuje się, że został skradziony podręcznik technik terrorystycznych.
Były wojskowy ucieka z zakładu karnego. Został skazany za obrabowanie banku i zabójstwo. Twierdzi, że jest niewinny. Gibbs powraca do pracy w NCIS. Uciekinier zmusza go i Fornella do ponownego rozpatrzenia sprawy.
Agenci Gibbsa otrzymują informację o odnalezieniu samochodu ze śladami krwi. Auto należy do zaginionej porucznik marynarki wojennej. Detektywi w jej mieszkaniu odkrywają kartotekę mężczyzn. Kobieta poszukiwała partnera.
Ginie oficer, który brał udział w tajnej akcji. Agenci NCIS przypadkowo zatrzymują rosyjskiego szpiega. Przeszukują jego samochód i znajdują w nim broń, z której zabito oficera. Śledztwo coraz bardziej się komplikuje.
Zostaje odnalezione ciało kaprala. Był poszukiwany, ponieważ nie zgłosił się na służbę w Iraku. Agenci NCIS odkrywają, że został pochowany, a potem ekshumowany. Okazuje się, że kapral miał dwie narzeczone.
W wojskowym klubie country dochodzi do eksplozji. Ofiarą zamachu pada pułkownik marynarki. Prowadzący dochodzenie agenci NCIS dochodzą do wniosku, że pułkownika zabili terroryści. Włącza się wojskowe biuro śledcze.
W wojskowym klubie country dochodzi do eksplozji. Ofiarą zamachu pada pułkownik marynarki. Prowadzący dochodzenie agenci NCIS dochodzą do wniosku, że pułkownika zabili terroryści. Włącza się wojskowe biuro śledcze.
Samobójstwo popełnia były oficer marynarki, a na jaw wychodzą kompromitujące fakty z jego życia. Agenci NCIS udowadniają, że oficer nie targnął się na swoje życie. Sądzą też, że nie był winien zarzucanych czynów.
Zakrwawiona siostra Timothy'ego McGee pewnego wieczoru puka do jego drzwi. Niebawem informatyk dowiaduje się, że koledzy z NCIS rozpoczynają dochodzenie w sprawie zabójstwa marynarza, który był dobrym znajomym siostry.
W bazie marynarki wojennej zostają znalezione spalone i zmumifikowane szczątki poszukiwanego przestępcy. Agenci NCIS rozpoczynają śledztwo wspólnie z FBI. W domu jego rodziny detektywi dokonują szokujących odkryć.
Agenci NCIS odkrywają, że pracującego nad tajnym projektem porucznika Marynarki zabił robot 'Otto'. Niewiele brakuje, by przez tę maszynę zginęła również Abby...
W podmiejskim motelu został znaleziony martwy wysokiej rangi oficer wywiadu marynarki. Na miejscu zbrodni Gibbs dowiaduje się, że lokalne władze już od trzech dni prowadzą dochodzenie w tej sprawie.
Poszukiwany na całym świecie niebezpieczny terrorysta zdobywa najnowocześniejszą broń chemiczną i grozi atakiem na miasta w USA. Agenci NCIS rozpoczynają współpracę z wojskowymi detektywami.