Booth i Brennan zostają wezwani na miejsce zbrodni. Znaleziono spalone zwłoki mężczyzny na dachu siedziby FBI. Dokumenty znalezione przy ciele dotyczą sprawy sprzed 30 lat i łączą się z ojcem Bones. Jej brat, Russ, mówi jej, że jest w kontakcie z ich ojcem, który ostrzega swoje dzieci przed niebezpieczeństwem. Okazuje się, że ciało z dachu to były agent FBI, który chciał zabić Russa. Im głębiej śledczy wchodzą w sprawę, tym więcej szokujących faktów wychodzi na jaw. Wszystko to może zniszczyć karierę Bootha. Zack broni pracy doktorskiej i prosi o pomoc kolegów.
Brennan zostaje uprowadzona przez swojego byłego asystenta, Zacka Addy'ego. Booth wraz z ekipą rozpoczyna poszukiwania partnerki. Niestety, to początek piętrzących się kłopotów.
Po zakończeniu prac w Gwatemali, doktor Brennan zostaje na lotnisku zatrzymana przez służby bezpieczeństwa. Jest to pretekst, by mógł się z nią spotkać agent Seeley Booth. FBI chce, by Temperance dalej z nimi współpracowała.
Mężczyzna ginie, prowadząc pojazd zarejestrowany na pochodzącego z Bliskiego Wschodu człowieka. Wkrótce ekipa Bones orientuje się, że znajduje się na tropie terrorysty.
W niewyjaśnionych okolicznościach ginie konstruktor robotów. Śledczy muszą ustalić, czy sprawcą zbrodni mogła być maszyna. Świętująca 40. urodziny Temperance szykuje niespodziankę dla przyjaciół.
Zespół wkracza do domu starców, po tym jak ginie jeden z podopiecznych. Booth i Brennan badają okoliczności tej sprawy. Ich małżeńskie rozmowy zaczynają dominować także w laboratorium.
Ekipa Jeffersonian bada okoliczności zabójstwa pewnej osoby z przeszłości Bootha i Brennan. W tym samym czasie Aubrey musi podjąć trudną decyzję. Staje przed dylematem moralnym w związku z powrotem do kraju jego ojca.
W rzece znaleziono ludzkie ciało pozbawione głowy. Okazuje się, że ofiarą jest hokeista. Podczas śledztwa zainteresowania Bootha tym sportem są niezwykle przydatne. Brennan i Booth robią porządki.
Topniejący lodowiec na Alasce odsłania zwłoki. Okazuje się, że to multimilioner, który zaginął 10 lat temu podczas ekspedycji. Clark zostaje wykluczony ze śledztwa, gdyż uczestniczył w tej wyprawie.
Trwa dochodzenie w sprawie ciała odnalezionego w punkcie recyklingu szkła. Między zębami ofiary tkwi diament. Francuski inspektor uważa, że morderstwo popełnił mąż ofiary. Booth ma kłopot ze wzrokiem.
Ekipa próbuje schwytać Lalkarza, mordercę grasującego przed laty w okolicy. Zbrodniarz zasłynął z tego, że przez pewien czas żył otoczony ciałami ofiar niczym wśród lalek.
Dr Temperance Brennan (Emily Deschanel) jest utalentowanym antropologiem pracującym w Jeffersonian Institution, która w wolnych chwilach pisze powieści. Brennan bardzo często współpracuje z agentem FBI Seeley'em Boothem (David Boreanaz), pomagając zidentyfikować zwłoki, kiedy standardowe metody są bezużyteczne. Będąca nieco na bakier ze współczesnym światem (kompletny brak obeznania z pop kulturą czy niezrozumienie cytatów filmowych i slangu) często powtarza, że lepiej rozumie martwych niż żywych. W śledztwach pomagają jej przyjaciele z Jeffersonian: Angela Montenegro (Michaela Conlin), artysta-plastyk tworząca trójwymiarowe hologramy miejsc zbrodni i hipotetycznych jej przebiegów; Zac Addy (Eric Millegan), asystent Brennan, któremu wysokie IQ przeszkadza w ukończeniu kilku doktoratów. "Wesołą gromadkę" zamyka dr Jack Hodgins (T.J. Thyne), specjalizujący się w owadach i minerałach, wielki zwolennik teorii spiskowych.