W niezamieszkanym budynku znaleziono ciało młodego marine. Początkowo agenci NCIS i policjanci sądzą, że zmarł w wyniku nadmiernego spożycia alkoholu. Wkrótce zostaje odnaleziony ślad, który wnosi wiele do śledztwa.
Ziva udziela Gibbsowi tajemniczego ostrzeżenia. Agent zaczyna rozważać, dlaczego spędziła ona tyle lat w ukryciu, po tym jak upozorowała swoją śmierć. Zastanawia się również nad tym, co sprawiło, że postanowiła wrócić.
Zostają uprowadzone żona i 9-letnia niewidoma córka kapitana marynarki wojennej. Porywacz żąda wielkiego okupu. Kapitana więzi w biurze. Obserwuje go za pomocą kamery internetowej. Gibbs ma plan wyjścia z sytuacji.
W podziemnej więziennej celi, która klimatem przypomina sypialnię z lat 50., znaleziono ciało kobiety. Była ona więziona wiele miesięcy, po czym zmarła z braku powietrza. Jest to jedno z kilku podobnych morderstw.
Znaleziono zwłoki. Ciało przymocowano do podwozia ciężarówki, która jechała do bazy marynarki wojennej. Ekipa pracuje nad odnalezieniem podejrzanego. Przemierzają trasę pokonaną przez auto.
Zespół Gibbsa ma odnaleźć pilotów porzuconego helikoptera piechoty morskiej. Kiedy docierają do jednego z nich, ten twierdzi, że lot w ogóle się nie odbył. Abby sądzi, że sprawa dotyczy przybyszów z kosmosu.
Zespół detektywów wiążę tajemniczą zbrodnię na Cmentarzu Narodowym w Arlington z atakami na bezdomnych weteranów. Vance domaga się, aby McGee, Bishop i Torres posprzątali pokój z dowodami. To zadanie ma stanowić dla nich karę za ukrywanie informacji.
Zespół prowadzi śledztwo w sprawie gwałtu i morderstwa niezidentyfikowanej kobiety. Była ubrana w mundur porucznika marynarki wojennej. Ducky znalazł dowód, który łączy tę sprawę ze śledztwem sprzed dziesięciu lat.
Ekipa prowadzi dochodzenie w sprawie kapral piechoty morskiej. W domu żołnierki została znaleziona broń palna, która stanowi dowód w jednej ze spraw. Kobieta nie jest jednak w żaden sposób związana z ofiarą, a w czasie gdy dokonano zabójstwa spała.
Na poligonie piechoty morskiej znaleziono ciało cywila. Agent Gibbs odkrywa, że na tym terenie mafia wyrzucała zwłoki swoich ofiar. Śledztwo ujawnia, że zmarły mężczyzna był agentem FBI. Jego przełożony jest oskarżony o współpracę z mafią.
Po powrocie z więzienia syn podoficera zostaje znaleziony martwy na własnej imprezie powitalnej. Wszystkie zebrane w toku śledztwa dowody wskazują na winę wieloletniego przyjaciela Kassie, Dantego.
Na poligonie piechoty morskiej znaleziono ciało cywila. Agent Gibbs odkrywa, że na tym terenie mafia wyrzucała zwłoki swoich ofiar. Śledztwo ujawnia, że zmarły mężczyzna był agentem FBI. Jego przełożony jest oskarżony o współpracę z mafią.
Członkowie zespołu rozpoczynają dochodzenie w sprawie morderstwa żołnierza piechoty morskiej. Podczas śledztwa detektywi odkrywają w motelu w stanie Virginia system kamer szpiegowskich zamontowanych w celu prowadzenia transmisji na żywo.
Zasłużony weteran, Ernie Yost przyjeżdża do centrali NCIS. Mężczyzna utrzymuje, że 60 lat wcześniej podczas walk Iwo Jimę zamordował swojego przyjaciela. Gibbs postanawia przeprowadzić śledztwo w tej sprawie.
Członkowie zespołu prowadzą śledztwo dotyczące morderstwa muzyka z elitarnej orkiestry marynarki wojennej. Gibbs niespodziewanie musi wziąć wolne w pracy. Przekazuje dowodzenie McGee.
Zespół prowadzi dochodzenie w sprawie zabójstwa podoficera. Przebieg całego zdarzenia był transmitowany na żywo na modnej aplikacji dla graczy. Sąsiadka Gibbsa prosi go, by zajął się jej 9-letnim synem. Kobieta musi nagle wyjechać z miasta.
Gibbs zostaje zmuszony do zmierzenia się z konsekwencjami swojej decyzji. Agent udziela Zivie pomocy w realizacji ostatniego zadania, które musi ona wykonać, by wrócić do drużyny.
Analityk CIA staje się świadkiem morderstwa. Na miejsce przybywa Gibbs ze swoim zespołem. Znajdują ciało porucznika Thomasa Egana. Okazuje się, że w dniu śmierci Egan miał testować nowy model sonaru, które zniknął.
Ekipa prowadzi śledztwo w sprawie katastrofy F-18 i późniejszego zaginięcia pilota. McGee rozmawia ze współpracownikami na temat bardzo osobistej decyzji. Robi to niechętnie.
Charakterystyczny tatuaż wskazuje, że zwłoki należą do żołnierza marynarki. Śledztwo prowadzi detektywów do zmarłego przed dwoma laty na zawał Thomasa Dorna. Podejrzaną o zabójstwo staje się jego siostra, która otrzymała wysokie odszkodowanie.
W miejscu testowania bezzałogowych statków powietrznych odnaleziono zwłoki. Członkowie ekipy muszą wyjaśnić, czy śmierć jest skutkiem nieszczęśliwego wypadku, czy nastąpiła w wyniku morderstwa.
Sierżant Alvarez ginie od kuli snajpera w trakcie rozmowy rekrutacyjnej. W sąsiednim stanie dochodzi do podobnego zabójstwa, w którym ofiarą jest również oficer marynarki wojennej zajmujący się rekrutacją.
Niespodziewanie Torres i Bishop ulegają wypadkowi. Zostają potrąceni przez samochód. Po incydencie Torres znajduje się na oddziale intensywnej terapii, gdzie walczy o życie.
Porucznik marynarki wojennej Wayne Julius zostaje zastrzelony na poboczu drogi. Agenci służb śledczych wszczynają dochodzenie. Szeryf Dupray przypomina sobie podobne morderstwo, po którym został dowód w postaci DNA mordercy.
Phillip Brooks, przyjaciel Gibbsa, poznaje kobietę na portalu randkowym. Nieoczekiwanie okazuje się, ona główną podejrzaną w sprawie morderstwa. W walentynki wychodzi na jaw, że Sloane ma tajemniczego adoratora.
Gibbs dowiaduje się, że jego były dowódca, pułkownik Ryan, zdezerterował z bazy w Iraku. Jest podejrzany o zabójstwo żołnierza i przywłaszczenie pieniędzy Husajna. Agent wierzy w niewinność Ryana. Podejrzewa spisek.
Ekipa bada okoliczności samobójstwa emerytowanego oficera marynarki. Zmarły zostawił Narodowemu Muzeum Marynarki Wojennej cenną monetę. Istnieją obawy, że pochodzi ona z kradzieży.
Ducky i Gerald zostają wezwani do przeprowadzenia sekcji. Jednak z worka na zwłoki wychodzi mężczyzna z pistoletem i bierze ich jako zakładników. Chce zobaczyć ciało ofiary ostatniej strzelaniny - terrorysty Qassama.
Członkowie zespołu badają sprawę zabójstwa podoficera marynarki, który został pozbawiony życia w identyczny sposób jak jego rodzice przed dziesięcioma laty. Natrafiają na szokujące znalezisko.
Podczas imprezy z podwieszanego sufitu w męskiej toalecie spada ciało podoficera Chrisa Gordona. Na miejscu zdarzenia pojawia się Gibbs, Kate, Tony oraz Ducky i rozpoczynają dochodzenie. Ofiara zmarła na skutek urazu głowy.
Ekipa prowadzi dochodzenie w sprawie śmierci technika marynarki wojennej. Jego ciało zostało znalezione dryfujące w jeziorze w pobliżu miejsca, gdzie ma miejsce popularna impreza plenerowa. Córka Sloane, Faith, zaskakuje matkę niespodziewaną prośbą.
Jack Curtin, skazany za zabójstwo żony, ucieka z więzienia. Służył w oddziale specjalnym marynarki wojennej i ujęcie go zostaje powierzone Gibbsowi. Teraz pragnie udowodnić swoją niewinność i zabić mordercę żony.
Dochodzi do napadu. Po jego nieudanym zakończeniu trzech uzbrojonych bandytów ucieka. Napastnicy postanawiają ukryć się w barze, w którym w tym samym czasie Palmer i Kasie spożywają posiłek. Zdesperowani przestępcy biorą zakładników.
Agent Pacci zostaje brutalnie zamordowany. Zespół Gibbsa rozpoczyna poszukiwania zabójcy. Śledztwo ujawnia, że Pacci wznowił dochodzenie w sprawie porucznika Vossa, podejrzewanego o wyłudzenie od wojska milionów dolarów.
Zaginął Bill Atlas, sierżant marynarki wojennej. Gibbs, Kate i Tony rozpoczynają poszukiwania. Udają się do baru, w którym po raz ostatni widziano zaginionego w towarzystwie reporterki. Tropy prowadzą do majora Joe Sacco.
Żołnierz piechoty morskiej zostaje zamordowany. Gibbs i jego zespół zostają wezwani na miejsce zbrodni. Ofiarą jest sierżant Grimm. Kate przesłuchuje żołnierzy. Agenci podejrzewają, że prowadzą nielegalny handel bronią.
Podczas ćwiczeń przed tajną misją porucznik oddziału specjalnego marynarki wojennej spada z klifu i ginie na miejscu. Agenci ustalają, że zamiast ze stali jego sprzęt został wykonany z aluminium...
Agenci próbują ustalić tożsamość terrorysty z Hamasu. Kate zostaje porwana i wywieziona na farmę. Dowiaduje się tam, że terroryści chcą zestrzelić helikopter z prezydentem Bushem i premierem Izraela.