Do agentów dociera anonimowe doniesienie o planowanym zamachu terrorystycznym. Alarm okazuje się fałszywy. Akcja już została podjęta, w jej wyniku zginęło dwóch członków zespołu NCIS. Pozostali szukają sprawcy zbrodni.
Analityk CIA staje się świadkiem morderstwa. Na miejsce przybywa Gibbs ze swoim zespołem. Znajdują ciało porucznika Thomasa Egana. Okazuje się, że w dniu śmierci Egan miał testować nowy model sonaru, które zniknął.
Charakterystyczny tatuaż wskazuje, że zwłoki należą do żołnierza marynarki. Śledztwo prowadzi detektywów do zmarłego przed dwoma laty na zawał Thomasa Dorna. Podejrzaną o zabójstwo staje się jego siostra, która otrzymała wysokie odszkodowanie.
Sierżant Alvarez ginie od kuli snajpera w trakcie rozmowy rekrutacyjnej. W sąsiednim stanie dochodzi do podobnego zabójstwa, w którym ofiarą jest również oficer marynarki wojennej zajmujący się rekrutacją.
Porucznik marynarki wojennej Wayne Julius zostaje zastrzelony na poboczu drogi. Agenci służb śledczych wszczynają dochodzenie. Szeryf Dupray przypomina sobie podobne morderstwo, po którym został dowód w postaci DNA mordercy.
Gibbs dowiaduje się, że jego były dowódca, pułkownik Ryan, zdezerterował z bazy w Iraku. Jest podejrzany o zabójstwo żołnierza i przywłaszczenie pieniędzy Husajna. Agent wierzy w niewinność Ryana. Podejrzewa spisek.
Ducky i Gerald zostają wezwani do przeprowadzenia sekcji. Jednak z worka na zwłoki wychodzi mężczyzna z pistoletem i bierze ich jako zakładników. Chce zobaczyć ciało ofiary ostatniej strzelaniny - terrorysty Qassama.
Podczas imprezy z podwieszanego sufitu w męskiej toalecie spada ciało podoficera Chrisa Gordona. Na miejscu zdarzenia pojawia się Gibbs, Kate, Tony oraz Ducky i rozpoczynają dochodzenie. Ofiara zmarła na skutek urazu głowy.
Jack Curtin, skazany za zabójstwo żony, ucieka z więzienia. Służył w oddziale specjalnym marynarki wojennej i ujęcie go zostaje powierzone Gibbsowi. Teraz pragnie udowodnić swoją niewinność i zabić mordercę żony.
Agent Pacci zostaje brutalnie zamordowany. Zespół Gibbsa rozpoczyna poszukiwania zabójcy. Śledztwo ujawnia, że Pacci wznowił dochodzenie w sprawie porucznika Vossa, podejrzewanego o wyłudzenie od wojska milionów dolarów.
Zaginął Bill Atlas, sierżant marynarki wojennej. Gibbs, Kate i Tony rozpoczynają poszukiwania. Udają się do baru, w którym po raz ostatni widziano zaginionego w towarzystwie reporterki. Tropy prowadzą do majora Joe Sacco.
Żołnierz piechoty morskiej zostaje zamordowany. Gibbs i jego zespół zostają wezwani na miejsce zbrodni. Ofiarą jest sierżant Grimm. Kate przesłuchuje żołnierzy. Agenci podejrzewają, że prowadzą nielegalny handel bronią.
Podczas ćwiczeń przed tajną misją porucznik oddziału specjalnego marynarki wojennej spada z klifu i ginie na miejscu. Agenci ustalają, że zamiast ze stali jego sprzęt został wykonany z aluminium...
Agenci próbują ustalić tożsamość terrorysty z Hamasu. Kate zostaje porwana i wywieziona na farmę. Dowiaduje się tam, że terroryści chcą zestrzelić helikopter z prezydentem Bushem i premierem Izraela.