Detektywi prowadzą dochodzenie w sprawie śmierci kobiety, której ciało znaleziono w bazie Quantico. Według ekspertyzy głównym podejrzanym jest Tony. Dla Abby udowodnienie niewinności Tony'ego staje się sprawą osobistą.
Zespół Gibbsa prowadzi dochodzenie w sprawie śmierci dowódcy marynarki wojennej, który zginął w płomieniach po udanej operacji serca. Miał wielu wrogów. Podejrzany jest pewien marynarz. Tony i Ducky łączą swoje siły.
Laura, żona oficera piechoty morskiej, zabija niedoszłego gwałciciela. Agenci odkrywają, że prowadzi ona sekretne życie. Z treści jej e-maili wynika, że mogła nieświadomie zachęcić przestępcę do wizyty w swoim domu.
Uciekający wraz z Tonym złodziej, przykuty do niego łańcuchem, ma informacje o starożytnych zabytkach skradzionych w Iraku. Tony nie wie, że złodziej jest również groźnym mordercą.
Na dnie jeziora zostaje odnalezione ciało oficera marynarki wojennej. Zaginął on przed dwoma laty. Agentom pomaga prywatny detektyw, wynajęty przez rodzinę ofiary.
Agent Gibbs z zespołem prowadzi śledztwo w sprawie zabójstwa podoficera. Informację zgłosił sprzedawca przez telefon, który w czasie rozmowy usłyszał, że popełniania jest zbrodnia. Sprawa coraz bardziej się komplikuje.
Za kulisami konkursu miss bikini zostaje zamordowana kobieta, podoficer marynarki. Agent Gibbs i jego ludzie muszą się dowiedzieć, czym zajmowała się od czasu powrotu ze służby na morzu. Wychodzi na jaw, że ofiara była w ciąży.
W szpitalu wojskowym popełnia samobójstwo podoficer, leczona psychiatrycznie. Ducky stwierdza, że została zamordowana. Okazuje się, że jej śmierć ma związek z trójkątem miłosnym, jaki kobieta tworzyła m.in. ze swoim przełożonym.
Agenci prowadzą dochodzenie w sprawie zabójstwa żołnierza marines. Wpadają na trop podejrzanego, ale on także zostaje zamordowany. Abby i McGee odkrywają, że ofiary były uczestnikami tragicznej w skutkach gry.
Zostaje znalezione ciało kobiety zamknięte w szafce mężczyzny, który poległ na wojnie w Iraku. Policja twierdzi, że została zamordowana nim zaciągnął się on do wojska. Gibbs postanawia bronić dobrego imienia żołnierza.
Detektywi otrzymują list z białym proszkiem. Muszą przejść kwarantannę, a Abby odkrywa, że w przesyłce znalazła się genetycznie zmodyfikowana "zaraza". Gibbs i McGee muszą jak najszybciej dotrzeć do nadawcy listu.
Potwierdzają się najgorsze obawy Gibbsa. Jego odwieczny wróg, arabsko-izraelski agent Ari przyjeżdża do Waszyngtonu. Jego zadaniem jest zabicie szefa NCIS. Okazuje się jednak, że myśli o jeszcze poważniejszej operacji.